Des de 1983, Lynn Margulis va viatjar sovint a Espanya per fer classes i participar en projectes de recerca amb científics espanyols. A més rebia moltes invitacions per fer conferències a estudiants i al públic general. Les seves idees i treballs nous van merèixer el reconeixement de quatre doctorats honoris causa que li van ser atorgats per la Universitat Autònoma de Madrid, la Universitat de València, la Universitat Autònoma de Barcelona i la Universitat de Vigo. En tres ocasions va participar en simposis internacionals organitzats per la Fundación Ramón Areces: “New Frontiers in Microbial Ecology and Meeting on the International Activities of ASM” (Barcelona, 2001), “Microbiology Societies of Spain, Portugal and Latin America. Challenges for the 21st Century” (Madrid, 2003), i “The Microbes Contribution to Biology” (Barcelona, 2006).