Desde 1983, Lynn Margulis viajó frecuentemente a España para dar clases y participar en proyectos de investigación con científicos españoles. Además recibía muchas invitaciones para dar conferencias a estudiantes y al público general. Sus ideas y trabajo novedosos merecieron el reconocimiento de cuatro doctorados honoris causa que le fueron otorgados por la Universidad Autónoma de Madrid, la Universidad de Valencia, la Universidad Autónoma de Barcelona y la Universidad de Vigo. En tres ocasiones participó en simposios internacionales organizados por la Fundación Ramón Areces: “New Frontiers in Microbial Ecology and Meeting on the International Activities of ASM” (Barcelona, 2001), “Microbiology Societies of Spain, Portugal and Latin America. Challenges for the 21st Century” (Madrid, 2003), y “The Microbes Contribution to Biology” (Barcelona, 2006).